Die Überwachungsstrategie setzt insbesondere voraus, dass die möglichen Auswirkungen des Inverkehrbringens eines GVO, die erforderliche Überwachungsintensität sowie ein geeignetes Überwachungskonzept/geeignete Überwachungskonzepte und die Überwachungsdauer ermittelt werden.

Zunächst ist die Wahrscheinlichkeit möglicher unmittelbarer, mittelbarer, sofortiger oder späterer schädlicher Auswirkungen des GVO unter Berücksichtigung der beabsichtigten Verwendung und des Aufnahmemilieus zu untersuchen.

Unmittelbare Auswirkungen sind die primären Auswirkungen auf die menschliche Gesundheit oder die Umwelt, die sich durch die GVO selbst und nicht durch eine Kausalkette von Ereignissen ergeben. Bei einer Nutzpflanze beispielsweise, die gegen ein bestimmtes Insekt resistent gemacht wurde, können unmittelbare Auswirkungen etwa im Tod oder in einer Veränderung der Ziel- oder Nichtziel-Insektenpopulationen infolge des von dem GVO produzierten Toxins bestehen.

Mittelbare Auswirkungen sind die Auswirkungen auf die menschliche Gesundheit oder die Umwelt die durch eine Kausalkette von Ereignissen ausgelöst werden. Im obigen Fall können mittelbare Auswirkungen beispielsweise auftreten, wenn die Reduzierung der Population der Zielinsekten die Populationen anderer Organismen beeinträchtigt, die sich normalerweise von diesen Insekten ernähren.

Bei mittelbaren Auswirkungen können Wechselwirkungen zwischen verschiedenen Organismen und der Umwelt zum Tragen kommen, was die Vorhersage möglicher Auswirkungen erschwert. Die Feststellung der mittelbaren Auswirkungen dürfte ferner erst nach einiger Zeit möglich sein. Diese Faktoren müssen jedoch in die Strategie einbezogen werden.

Sofortige Auswirkungen sind die Auswirkungen auf die menschliche Gesundheit oder die Umwelt, die während des Zeitraums der Freisetzung der GVO beobachtet werden. Sofortige Auswirkungen können unmittelbar oder mittelbar sein.

Spätere Auswirkungen sind die Auswirkungen auf die menschliche Gesundheit oder die Umwelt, die nicht während des Zeitraums der Freisetzung beobachtet werden, sondern als unmittelbare oder mittelbare Auswirkungen entweder in einer späteren Phase oder nach Abschluss der Freisetzung auftreten. Ein Beispiel hierfür ist die Entwicklung einer Bt-Toxin-Resistenz bei Insekten infolge einer Langzeitexposition.

Sofortige und spätere Auswirkungen können jeweils unmittelbar oder mittelbar sein; der Unterschied liegt im Zeitpunkt ihres Eintretens. Die Wahrscheinlichkeit, dass unmittelbare Auswirkungen sofort oder auf kurze Sicht in feststellbarem Ausmaß, auftreten, ist größer. Mittelbare Auswirkungen zeigen sich möglicherweise erst nach längerer Zeit, sie müssen aber gegebenenfalls dennoch berücksichtigt werden.

Es ist sehr schwierig, wenn nicht sogar unmöglich, das Eintreten möglicher unvorhergesehener oder unerwarteter Auswirkungen, die in der Risikobewertung nicht hervorgehoben wurden, vorherzusagen. Daher sollte die allgemeine überwachende Beobachtung zur Feststellung möglicher unvorhergesehener oder unerwarteter Auswirkungen Bestandteil der Überwachungsstrategie sein.