International wird die Abschätzung der MU aus den Vergleichsstandardabweichungen favorisiert, welche in Intra-Laborvergleichuntersuchungen durch das Labor selbst ermittelt werden. Die Höhe der abgeschätzten MU ist ein Maß für die Streuung der Ergebnisse, welche mit dem geprüften quantitativen Untersuchungsverfahren bei einer bestimmten Probenmatrix oder -matrixgruppe in dem betreffenden Labor ermittelt werden. Sie ist somit auch auf Routineproben übertragbar. Sie kann in verschiedenen Labors jedoch unterschiedlich groß sein. Systematische Abweichungsfehler können bei diesen Untersuchungen allerdings nicht erkannt werden.

Die laborinternen Vergleichsstandardabweichungen sollten für jedes im Labor angewandte quantitative Untersuchungsverfahren und für jeden Zielkeim (bzw. Keimgruppe) ermittelt werden. Werden Untersuchungsverfahren innerhalb eines Labors in verschiedenen Modifikationen durchgeführt, z.B. hinsichtlich der Beimpfungsmethode oder der Anzahl der beimpften Parallelplatten, ist die laborinterne Vergleichsstandardabweichung für jede Modifikation separat experimentell zu ermitteln. Eine Wiederholung der Experimente ist notwendig, sofern sich die Untersuchungsbedingungen innerhalb des Labors ändern (neue Methode, neue Medien, neue Geräte, neues Personal).